Trường hợp Doanh Nghiệp muốn thực hiện thủ tục giải quyết hồ sơ giải thể chấm dứt hoạt động thì phải có xác nhận của cơ quan hải quan về việc người nộp thuế đã hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước đối với hoạt động xuất nhập khẩu theo quy định tại Thông tư của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan. 

Điểm a.4 khoản 1 Điều 16 Thông tư 86/2024/TT-BTC quy định về xử lý hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế và trả kết quả như sau:

Điều 16. Xử lý hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế và trả kết quả
1. Xử lý hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế của người nộp thuế quy định tại khoản 1 Điều 14 Thông tư này:
a) Cơ quan thuế quản lý trực tiếp thực hiện:
[…]
a.4) Đề nghị cơ quan Hải quan thực hiện xác nhận việc người nộp thuế đã hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước đối với hoạt động xuất nhập khẩu theo quy định tại Thông tư của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và Thông tư của Bộ Tài chính quy định về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế trong thời hạn 03 ngày kể từ ngày ban hành Thông báo về việc người nộp thuế ngừng hoạt động và đang làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế. ”

Căn cứ quy định nêu trên và nhằm hỗ trợ, đảm bảo thời gian giải quyết thủ tục hành chính cho người nộp thuế được nhanh chóng, đúng hạn, Cục Thuế ban hành công văn 4258/CT-NVT ký ngày 24/06/2026 kính đề nghị Cục Hải quan chỉ đạo các cơ quan Hải quan phối hợp với cơ quan thuế thực hiện xác nhận việc người nộp thuế đã hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước đối với hoạt động xuất nhập khẩu theo quy định tại Thông tư của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan trong thời gian 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản của cơ quan thuế.

Quá thời hạn phối hợp nêu trên, trường hợp không nhận được thông tin phản hồi, cơ quan thuế sẽ thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế cho người nộp thuế theo quy định pháp luật hiện hành. Việc quản lý, thu hồi nợ đọng đối với các khoản thuế xuất nhập khẩu phát sinh sau đó sẽ do cơ quan Hải quan chủ trì thực hiện.